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麒麟菜自然保护区是1983年经广东省人民政府以粤府函198363号文批准建立的。是由原广东省海南行政区在文昌、琼海两个市级麒麟菜自然保护区合并而成，保护区面积约130km2，这些保护区主要授权当地海藻场负责管理与经营，海藻场经有海南省林业局批准成立保护区渔政管理站行使管理保护职责。
海南省琼海市东部沿海，即琼海市文昌县交界三更峙（东经110º43.5′北纬19º24′）至琼海市潭门镇草塘村（东经110º39′北纬19º15′）对开7米等深线水域，面积25平方公里，可从事麒麟菜养殖的面积约5000亩。
